人类和社会的发展是有规律可循的。人类生活在自然界中，自然界存在着人类赖以生存的必要条件。随着人类对自然界认识的不断深入，知识和技术的不断积累，首先人类活动深刻影响着生物圈，而生物圈的一系列改变，又可以直接或间接地影响到人类的智慧与技术发展;再者从社会发展来看，人类数百万年间，从直立行走、石器使用到火的使用从狩猎时代经历了畜牧和农耕时代、氏族社会、奴隶社会、封建社会一直发展到现代社会。社会的进步促进了生产力的发展，促进了人类对大自然的认识与改造。人类在原始社会，生产力低下，过着茹毛饮血的生活、对食物和药物的认识和区别自然存在着一种模糊的状态。到了氏族社会与奴隶社会，随着生产力的发展和不断实践，这种区别变得愈来愈清晰。我们的祖先也正是在长期与饥饿、疾病、猛兽偷袭及自然灾害抗争的生活实践中，不断更新食物品种，发现和积累食物的充饥、营养与治疗作用并将之代代相传。
一、上古时期
为了繁衍、生存，人类需要食物以维持身体正常需求。上古时代先民们过着“茹毛饮血，饥则取之，饱则弃之”的原始生活，生活环境极为恶劣，各种自然灾害时刻威胁着人类的健康和生存，“时多疾病毒伤之害”。而后，火的发现和使用使得人类由生食进人到熟食阶段，营养状况及健康情况得到了改善。陆贾《新语·道基第一》描述:“民以食肉饮血衣皮毛。至于神农，以为行虫走兽难以养民，乃求可食之物，尝百草之实，察酸苦之味，教民食五谷。”可见神农使远古时期的中华民族由茹毛饮血的狩猎时代进人食草为主的农耕时代。《淮南子·修务训》也有记载:“神农乃始教民播种五谷，相土地之宜，燥湿肥饶高下，尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就，当此之时，一日而遇七十毒。此其尝百草为别民可食者，而非定医药也。”由此可见，神农时期药与食是不分的，还没有明确的界限，无毒者可就，有毒者当避。
二、夏商周时期
夏朝时，人类的生活水平还处于非常低的层次，即使帝王尧的饮食也以“粝梁之食”(粗粮)“藜藿之羹”(野菜)为主。而在夏朝时期人们还学会通过稻、菽、粟等作物来酿制酒浆，如后世《吕氏春秋》中就有“仪狄作酒”的记载。相传仪狄曾作酒献给夏禹品尝以健体。
商朝伊尹善调五味，教民五味调和，创中华割烹之术，开后世饮食之河，在中国食养文化史上占有重要地位，被中国烹饪界尊为“烹调之圣”“烹饪始祖”和“厨圣”。伊尹烹制的“紫苏鱼片”，可能是我国最早应用中药紫苏来制作的药膳。皇甫谧的《针灸甲乙经》中载:“伊尹以亚圣之才，撰用神农本草，以为汤液。”汤液的炮制与食物的烹饪过程相似，用药物煎汤、去其渣，取药汁而成汤液，文、武火之间将人们所需的成分从食物中移入汤液。殷商时期彭祖研制了“雉羹”(见《楚辞·天问》)，被后世公认为最早的复合汤羹(是由豆叶、碎米粉、鸡肉、茭白配餐、进行煮熬成汤羹的食物)。
周朝分为西周、东周、春秋与战国时期。西周在前朝基础上，建立了国家级的医疗体系，朝廷设“三公”“九卿”制，并且设专职的膳夫和食医，这为“药食同源”理论的发展奠定了基础。《周礼·天官》中对官职进行精细的划分，医生被分为四等，分别是食医、疾医、疡医、兽医，其中食医地位最高，居于疾医之上。“食医，掌和王之六食、六饮、六膳、百羞、百酱、八珍之齐”。疾医主张用“五味、五谷、五药养其病”。“疾医”，孙诒让在《周礼正义》注曰:“若今之内科医也。”可见作为五味、五谷的食物和药物一样发挥着治疗作用。这一时期食药的界限是模糊的。周朝“食医”分工的出现促进了“食治”“药膳”的出现和发展。当时已将食治提升到很高的地位，并逐渐成为专业，食疗养生是当时的首选治疗方案。长沙马王堆出土的医药书籍众多，相传成书均为战国以前，其中与“药食同源”理论相关的帛书有《却谷食气》《导引图》《养生方》《杂疗方》等。书中所载养生方法多数可“以食治之”，或“以食养之”《黄帝内经》是春秋战国时期的最重要的医学著作，也是我国最早的医学典籍，它不仅奠定了我国医学的理论基础，还奠定了“药食同源”理论的发展基础。其虽未设专篇以论食疗，但散在各个篇章里的食疗理论已经较为具体和全面，对于药、食的配伍，对五脏的影响及作用等多方面均有论述，不仅包括饮食有节、五味与人体的关系、饮食宜忌饮食调养等理论，而且记录了相当数量的食疗方剂，其中提出的“药以祛之、食以随之”“饮食自倍，肠胃乃伤”“人以五谷为本”等观点，至今仍是食疗养生的准则。
“药食同源”理论在夏商周时期一步步走向成熟，从仅以充饥为目的的饮食到以保健养生为目的的饮食;从单用食物以滋养的“食养”到药食结合的“药膳”;从仅从后世著作中提及只言片语到自主传承下来的养生经典，无不反映“药食同源”理论的重要与珍贵。
三、秦汉时期
此时期由于时局动荡，社会发展缓慢，药食同源理论的发展虽没有重大进步，但思想上的百花齐放，为药食同源理论的发展奠定了坚实的基础。东汉末期的《神农本草经》是我国现存最早的药学专著，其中详载365种药，并按药物功效分成上、中、下三品，其中有相当一部分具有药食两用的特点，是人们生产生活中常见的食物，如生姜、莲子、大枣等。
